Das Corps Saxonia wurde unter dem Namen Landsmannschaft Altenburgia auf der Tanne am 13. Februar 1805 von Studenten an der Johann-Friedrichs-Universität in Jena gegründet (heute Friedrich-Schiller-Universität). Die Traditionen reichen aber noch weiter zurück. Bereits im Jahre 1768 wird eine Landsmannschaft Saxonia in den Quellen erwähnt. Für das Jahr 1792 sind die blau-weißen Farben für die Jenenser Sachsen belegt. Andere Sachsencorps haben, zum Teil in Variationen, von der alten Landsmannschaft Saxonia Jena die blau-blau-weiße Farbkombination übernommen, so nachweislich die Corps Saxonia Leipzig, Saxonia Halle und Saxonia Göttingen. Prägend im Alltagsleben und in der Ausrichtung für das Jenenser Sachsencorps blieb bis heute der Einfluss der auf besonderen Zusammenhalt abzielenden alten Studentenorden. Aufgrund seiner besonderen Geschichte geht das als Standardwerk angesehene Buch „Die deutschen Corps“ von Wilhelm Fabricius ausführlich auf Saxonia Jena ein.
Am 13. Juni 1808 erfolgt die Umbenennung in Landsmannschaft Saxonia, die sich am 15. Juni 1815 auflöst, um zunächst nach einigem Widerstand lokalem Zwang der Zeit folgend in der in Jena neu entstehenden Burschenschaft (Urburschenschaft) aufzugehen, der jedoch kein langes Leben beschieden war und heute in den drei Burschenschaften Teutonia Jena, Germania Jena und Arminia Jena fortbesteht. Wie aus dem Archiv der Burschenschaft Germania hervorgeht existierte eine Burschenschaft Saxonia mit dem gleichen Couleur wie das spätere Corps von 1817 bis 1818. Am 7. Juni 1820 stiftete sich das Corps Saxonia.
Über den Jenenser SC ist das Corps Gründungsmitglied des Kösener Senioren Convents-Verbandes, der 1848 in der Aula der Universität Jena gegründet wurde. 1893 (und 1963 mittelbar in Bonn) war Saxonia das präsidierende Vorortcorps im KSCV und stellte den Vorsitzenden des oKC.
Im Jahre 1936 musste sich das Corps unter nationalsozialistischem Druck auflösen, existierte aber als KameradschaftSaaleck bis 1945 weiter.
Nach dem Krieg bildete die Saxonia Jena mit dem Corps Saxonia Bonn am 13. Februar 1951 einen gemeinsamen Corpsburschen-Convent (CC) unter dem Namen Corps Saxonia Jena et Bonn zu Bonn. Am 14. Dezember 1991 wurde die Trennung beider Corps beschlossen; Saxonia Jena kehrte 1993 nach Jena zurück. Es residiert seit Mitte der 90er Jahre wieder auf der Sachsenburg, dem 1898 im neoromantischen Stil errichteten Verbindungshaus.
Aufgrund der Struktur seiner Verhältnisse zu anderen Corps wird das Corps Saxonia zum Roten Kreis innerhalb des KSCV gezählt.
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